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二天門よりも豪華と思われる夜叉門も、二天門と同じく承応２年（1653）に建てられた八脚門で、切妻造銅瓦葺、正面には唐破風が付いている。
朱色を基調として組物と金物が金、彫刻が極彩色で彩られ、牡丹、唐草牡丹の彫刻が多用されていることから牡丹門の別称がある。

夜叉門の内部には東西南北を表している色違いの毘陀羅像、阿跋摩羅像、烏摩勒伽像、健陀羅像が安置され、夜叉門が大猷院の中で霊廟の鎮護に当たっていることが分かる。
正面右側の緑色の肌の夜叉は、阿跋摩羅（あばつまら）という。
正面左側の赤色の肌の夜叉は、毘陀羅（びだら）という。壁面には牡丹唐草の透かし彫りが施されている。

背面右側の白っぽい肌の夜叉が、健陀羅（けんだら）という。

背面左側の青色の肌の夜叉は、烏摩勒伽（うろまきゃ）という。右手に持つ矢の長さをとって、毎年買い替えなくてもよい金属製の龍神破魔矢として大猷院内各所で売っている。

夜叉門に向かって右手には、大きな鐘楼がある。桁行2.5間、梁間2.1間、入母屋銅瓦葺きで、下層部には袴腰、上層部には高欄が廻されている。全体的に黒を基調とし、金物を金泊、組物・彫刻を極彩色に彩っている。

向かって左手には、大きな鼓楼がある。造りは鐘楼と同じである。鐘楼・鼓楼の周辺には33対66基の燈籠がある。燈籠は唐銅（からかね）製で、10万石以上の諸大名から奉納されたものである。