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三嶋大社の宝物館には、三嶋大社所蔵の宝物・文化財と宮司矢田部家に伝来した文化財が数多く展示されている。
北条政子奉納と伝えられる梅蒔絵手箱一式が国宝であり、重要文化財では、明治天皇奉納の鎌倉時代初期の太刀（銘：宗忠）や源頼家筆の般若心経、源頼朝から足利尊氏や秀吉、家康などの徳川将軍による三嶋大社矢田部家文書５９２点がある。
これは宝物館入り口に展示されている、円融院大堰川宴遊の図屏風である。

宝物館で最も古い文書は「伊豆国司庁宣」で、矢田部家第三十四代の伊豆国盛を「三嶋宮司の職に補任す」と書かれている（１１０３年）。
他にも古い三嶋大社の見取り図や立体模型、徳川家光奉納の太刀、重要美術品の三嶋本日本書紀など数えきれない。

宝物館の裏手には神鹿園があり、たくさんの鹿がのんびり過ごしている。