阿蘇山の北側に広がる阿蘇市の一宮町宮地に、阿蘇開拓の祖神と崇められる阿蘇神社がある。全国的にも珍しい横参道で、参道の南には阿蘇火口、北には国造神社が位置し、楼門や社殿は東を向いている。参道中央にある高さ18mの楼門は、日本三大楼門（他は鹿島神宮、筥崎宮）に数えられる。神社では珍しい仏閣の様式により嘉永２年（1849）に欅材にて建てられた、３間１戸入母屋造１階正面軒唐破風付銅板葺の二層楼山門式の楼門である。屋根は建立当初は杮葺だったものが、大正６年に桧皮葺、昭和50年に銅板葺となった。楼門の右手には神幸門、左手には還御門がある。楼門と嘉永元年（1848）建立の神幸門及び還御門は、国の重文に指定されている。
楼門に架かる大きな「阿蘇神社」の扁額の文字は、有栖川宮熾仁親王の手によるものである。
楼門をくぐると正面に、昭和23年に建てられた大きな拝殿が建っている。阿蘇神社は肥後国一宮、旧社格は官幣大社で、全国に約450社ある阿蘇神社の総本社である。社伝では、第７代孝霊天皇９年、神武天皇の孫神の健磐龍命の子で、初代阿蘇国造に任じられた速瓶玉命（はやみかたまのみこと、阿蘇都比古命）が、両親を祀ったのが始まりと伝える。景行天皇18年、惟人命を阿蘇神社初代大宮司以来、91代現宮司まで世襲し、出雲大社の千家家、和歌山の国懸神宮の紀家とともに日本の旧家・名族の家系を誇る阿蘇氏は、速瓶玉命の子孫と称している。国史では「健磐龍命神」及び「阿蘇比竎神」に対する神階奉叙の記事が見え、健磐龍命神は天安元年（859）に正二位、阿蘇比竎神は貞観17年（875）に従三位に昇叙された。延喜式神名帳には、健磐龍命神は名神大社に、阿蘇比竎神は式内小社に列している。
中世以降は肥後国一宮として広大な社領を有していたが、豊臣秀吉の九州征伐の際に没収された。その後改めて天正15年（1587）に300町の社地が寄進され、さらに領主となった加藤清正、熊本藩主として入国した細川氏によって社領の寄進、社殿の造修が行われた。
拝殿の左手には神饌所、右手には神輿庫の建物が連なるが、拝殿と神饌所の間に一の御殿門がある。これらは拝殿と同じく昭和23年に造営された。
一の御殿門は、一の神殿の拝所である。
阿蘇神社は12柱の神を祀り、阿蘇十二明神と総称される。一の神殿は、桁行５間梁間２間、入母屋造正面千鳥破風付軒唐破風付向拝３間銅板葺、天保11年（1840）の建立で、国の重文に指定されている。一の神殿には、初代神武天皇の孫という一宮・健磐龍命（たけいわたつのみこと）、二宮の父で神武天皇の子という三宮・國龍神、一宮の孫である五宮・彦御子神、三宮の子である七宮・新彦神、七宮の子である九宮・若彦神の５柱の男神を祀っている。
一の神殿の右手奥には、三の神殿（別殿）が建っている。三の神殿は、３間社流造正面千鳥破風付銅板葺、天保14年の建立で、国の重文に指定されている。三の神殿には、一宮の子で阿蘇国造の祖という十一宮・國造速瓶玉神、一宮の叔父で第２代綏靖天皇になった十二宮・金凝神の２柱の男神が祀られている。
阿蘇神社の本殿・楼門等の構造は特例の阿蘇式であり、一・二の本殿は入母屋造千鳥破風付で、千木のほか、８本の鰹木を備えている。
神饌所の左奥に山王社と庚申社が合祀されている。慶安３年（1650）に境内末社として創立され、山王社は大国主命を祀り、庚申社は猿田彦命を祀っている。
拝殿の右手には二の御殿門と神輿庫が並んでいる。
二の神殿は、桁行５間梁間２間、入母屋造正面千鳥破風付軒唐破風付向拝３間銅板葺、天保13年の建立で、国の重文に指定されている。二の神殿には、一宮の妃である二宮・阿蘇都比竎神、三宮の妃である四宮・比竎御子神、五宮の妃である・六宮、七宮の娘である八宮・新比竎神、七宮の妃である十宮・彌比竎神の５柱の女神を祀っている。
楼門の手前には神の泉があり、その手前に二之神陵があり、阿蘇都姫命を祀っている。
