総持寺の住職は五哲が輪番で担当し、５ヶ所の子院（塔頭）の住職も輪番制で決められるなど、明治になるまで輪番制が続き、この輪番制により多くの末寺ができて、総持寺が永平寺に並んで大本山になることができたといわれる。総持寺からは多くの優秀な僧侶が輩出し、京都、鎌倉五山の住職となり、永平寺の住職も出している。
山門をくぐって境内の中央から振り返ってみると、組物が豪壮で堂々とした建物であることがよくわかる。
境内中央から右に進むと、左手の池の向こうに大きな法堂が建っているのが見える。高さ25ｍ、正面横幅36ｍ、明治43年に竣工したが、平成19年の能登半島地震で損壊したため５年の歳月をかけ修復工事を施し、この後６月４日に落慶法要が営まれた。
なおも右手にはこれまた大きな仏殿が建っている。大正元年（1912）に再建された、間口20ｍ、奥行16.3ｍの大きさがある、書院風仏堂で「大雄宝殿」とも呼ぶ。
総持寺祖院の巡拝順路は、山門に続く回廊に沿って反時計回りなので、山門右側の回廊、禅悦廊に入ると、内には五院の「洞川庵」の号額が掲げられている。宝暦13年（1763）奥州仙臺藩永徳寺24世楚山の書である。五院とは、普蔵院、妙高庵、洞川庵、伝法庵、如意庵のことで、この五院の下に末寺があった。
回廊の突き当たりには、韋駄天尊が安置されている香積台があり、総持寺の総受付など運営中枢部なのだが、その手前の回廊途中に、四天王の一つ、南方を護る守護神、増長天像が安置されていた。
香積台の前で左に曲がると、大きな仏殿に入る。山門と同じく、山号「諸嶽山」の扁額が掲げられている。突き当たりには、五院の一つ「普蔵院」の号額が掲げられ、法堂へ続く慧心廊という廊下が見える。
仏殿中央の須弥壇上には、禅宗の本尊である釈迦牟尼如来坐像（木彫）を祀っている。その右手には、大権修理菩薩を配している。
釈迦牟尼如来の左手には、達磨大師を配している。欄間に施された彩色された花の浮彫りは珍しい。
左側の客殿を兼ねた相見の間の襖の書は、山岡鉄舟の作である。「鉄樹」「抽枝（枝をぬきんじ）」「石樹」「開花（花を開く）」と読む。山岡鉄舟は、勝海舟、高橋泥舟（槍の達人）とともに幕末三舟といわれた一人であり、剣・禅・書の達人であった。勝海舟、西郷隆盛の江戸城開城など有名な会談の前談判を、勝の使者として駿府の敵陣にいた西郷と行い、成功裏に導いている。その後、西郷の人柄にも惚れて、事ある毎に西郷の護衛をしたという。
