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通称、出羽三山神社と呼ばれる、羽黒山の中心である三神合祭殿は、祭神として、月山神社が月読命、出羽神社が伊氐波神・稲倉魂命、湯殿山神社が大己貴命・少彦名命・大山祇命を祀る。
現在の社殿は、文政元年（1818）庄内藩主酒井忠器の再建による。高さ約２９m、桁行２４mの壮大な権現造で、神仏習合時代の名残をとどめている。羽黒派古修験道独特な建築様式から合祭殿造りとも呼ばれる。
拝殿と本殿の間に合の間がなく一体となっている。国の重文にも指定されている。

茅葺きの建物としては、岩手県奥州市水沢区の正法寺に次ぐ規模を持っていて、東三十三ヶ国総鎮護として広く尊崇されている。三つの神社の扁額が並ぶが、月山神社の扁額がやや大きい。

三神合祭殿としたのは、冬の間は雪に覆われ、月山神社奥宮や湯殿山神社にお参りができないためといわれる。内部は総漆塗りで、壮大壮麗で圧倒される。

表参道から上がってきて潜る大きな鳥居の手前には、左に厳島神社と右に蜂子神社がある。
厳島神社には龍の彫刻があり、蜂子神社は出羽三山開祖の蜂子皇子を祀っている。

鳥居の先は表参道の三の坂となり、坂の下から左に折れれば、南谷別院跡や天然記念物のかすみ桜に至ることができる。

合祭殿前の神池（鏡池）からは、５００面以上の古鏡が発掘され、博物館に１９０面収蔵されている。そのほとんどが青銅鏡で、平安時代の鏡が９１面、鎌倉時代５６面、室町時代２面、江戸時代３面、時代不詳３７面という。池中納鏡の思想が平安時代からあったことがわかる。